La Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales de la Universidad Nacional de Misiones (FCEQyN-UNaM) fue creada en 1974.
Su antecedente más cercano a la Escuela de Ingeniería Química que dependía entonces de la Universidad Nacional del Nordeste de Corrientes, creada el 6 de agosto de 1957, por resolución Nº66. Inicialmente las clases se dictaban en una casa antigua de calle Tucumán y San Lorenzo.
En años subsiguientes y contando con los recursos y experiencias de la carrera de Ingeniería Química, fueron creándose nuevas carreras en el ámbito de la Facultad.
Así, en 1974 se crea la carrera de Bioquímica y en 1978, la de Laboratorista Químico Industrial.
En 1985 se crea Farmacia y se trasladan desde la Facultad de Humanidades y Ciencias Sociales, las carreras de Profesorado en Biología y de Licenciatura en Genética.
La Escuela de Enfermería, que hasta 1980 dependía del Rectorado, ese año pasó a depender de la FCEQyN.
En 1993 se crea la carrera de Analista en Sistemas de Computación que funciona en la ciudad de Apóstoles (Misiones).
Y en 1995, pasan a depender de la Facultad los Profesorados de Matemática y Física.
En función de las necesidades de la comunidad se fueron creando nuevas propuestas académicas hasta completar quince carreras de pre grado y grado.
Los estudiantes cuentan con comedores gratuitos que funcionan durante todo el ciclo lectivo. En Posadas, dependen de la UNaM, y se ubican en Félix Bogado 2160 y en el Campus Universitario. En el Módulo Informática de Apóstoles, desde 2015, funciona el comedor que es financiado en su totalidad por la FCEQyN.
En cuanto a albergues, la UNaM cuenta con el Barrio Campus, al cual la FCEQyN suma su propio albergue, ubicado en la zona del Campus. En Apóstoles, el albergue funciona en articulación con el municipio.
Asimismo, carreras como Enfermería han tenido una extensión áulica en San Vicente y Eldorado, y Analista en Sistemas de Computación en Puerto Iguazú, en el marco del Programa de Expansión territorial de la Educación Superior.
Por este mismo programa, desde 2017 la carrera Tecnicatura Universitaria en Celulosa y Papel (TUCyP, creada en 2003) se dicta en Puerto Rico con un número de ingresantes histórico que supera los cien preinscriptos.
