• Responsable del Curso: 
    Dr. Santiago CATALANO
  • Dr. Marcos MIRANDE
  • Dr. Diego BALDO
  • Régimen de Dictado: Presencial
  • Modalidad: Curso Teórico-Práctico
  • Carácter: Optativo
  • Subdisciplina: Biotecnología
  • Carga Horaria Total: 40 hs
  • Contenidos Mínimos: 1) INTRODUCCIÓN Y GENERALIDADES. Objetivos del curso. Qué es la sistemática; evolucionismo, fenética, cladística. Árboles filogenéticos; cómo explican las observaciones. Criterios de optimalidad. Parsimonia, vs compatibilidad, similitud global, y verosimilitud (likelihood). Policotomías. Comparación de cladogramas: número de pasos. Número de cladogramas posibles. Notación parentética de árboles; listas de ancestros. Dificultad de encontrar soluciones a problemas de parsimonia (introducción). 2) OPTIMIZACIÓN Y EVALUACIÓN DE HIPÓTESIS. Homología y homoplasia; conceptos y criterios. Optimización de caracteres, generalizada. Casos especiales de optimización: caracteres aditivos y no aditivos. Optimización de caracteres con terminales polimórficos. Árboles de estado de caracteres (character-state trees). Re-codificación: binaria aditiva, de no-aditivos, de costos particulares, de variables para cada estado. 3) BUSQUEDAS (I). Árboles de Wagner. Permutación de ramas. Soluciones exactas Importancia de la velocidad de los cálculos; ejemplos. Métodos usados para acelerar los cálculos. Islas y como saltarlas (distintas secuencias de adición, permutación arboles subóptimos, swapeado múltiple). Métodos implementados en distintos programas de computadora para parsimonia (Hennig86, NONA, TNT, PAUP). 4) ENRAIZAMIENTO. AMBIGUEDADES EN ANALISIS CLADISTICO; CONSENSOS Y COLAPSAMIENTO. Polaridad y "comparación fuera de grupo," relación con árboles y redes. El mito de la polaridad. Otros criterios: primitivismo y comonalidad; estratigrafía; criterio corológico. Ontogenia. Raíces de Lundberg. Definiciones formales de mono-, para- y polifilia. TSA y Lipscomb (1992). Soluciones múltiples: causas; implicaciones; cladogramas de consenso: estricto, semi-estricto, adams, mayoría. Datos faltantes e inaplicables en análisis cladístico. Polimorfismo como datos faltantes. Optimizaciones ambiguas. Resoluciones arbitrarias en cladogramas. "Reglas" para colapsar árboles. Colapsamiento y eficiencia de búsquedas. Listas de sinapomorfías para consensos. 5) EVALUACION DE RESULTADOS (I). COMPARACION DE TOPOLOGIAS. REPASO Y CONSULTA. Caracteres informativos y no informativos. Homoplasia e índices: consistencia, consistencia rescalado, retención. Decisividad. Medidas de semejanza topológica entre árboles: movimientos de ramas; coeficiente de distorsión. "Tipos" de topologías de cladogramas; contenido de información. Caracteres continuos en análisis cladístico. Repaso de clases anteriores. 6) EVALUACION DE RESULTADOS (II). Evaluación mediante tests estadísticos. Test de mono y no-monofilia, a priori y a posteriori. Bremer support; test de total support; bremer support relativo. Bootstrapping. Jackknifing de taxones. Jackknifing de caracteres. Interpretaciones. Problemas y soluciones a jackknifing: caracteres aditivos/pesados/Sankoff, grupos por debajo del poder de resolución del método. Re-muestreo simétrico. Diferencias de frecuencias. Funciones de re-muestreo débiles. Pendiente de la curva de frecuencia como función de la fuerza de remuestreo. 7) PESADO DE CARACTERES. Pesado de caracteres. Pesado como alternativa a parsimonia. Pesado de multiestados según número de estados. Pesado sucesivo; autoconsistencia. Funciones para asignar pesos. Funciones no lineales de la homoplasia: pesos implicados. Pesado dinámico y pesado exacto; problemas. Optimización auto-pesada; implicaciones; dificultad de computar soluciones. Homoplasia y terceras posiciones. 8) BUSQUEDAS (II). CONGRUENCIA, Y EVIDENCIA TOTAL. "Parsimony jackknifing" y métodos rápidos de análisis. Estimación rápida de consensos. Métodos de búsqueda especiales. Problemas de los métodos tradicionales; soluciones: búsquedas sectoriales, parsimony ratchet, deriva, fusión. Congruencia taxonómica; importancia, medidas; tests estadísticos. Evidencia total (o análisis simultáneos). Supertrees: MRP, SSS, minimum flip, compatibility, majority rule. 9) COMPARACION DE METODOS DE CLASIFICACION. Comparación de fenética, evolucionismo y cladística. Similitud especial. Contenido de información de las clasificaciones. Ajuste de distancias sobre árboles. 10) CARACTERES MOLECULARES. ADN, Aminoácidos, datos genómicos. Bases de datos: uso de Genbank, y gb2tnt, NCBI Blast. Alineamiento: alineamientos estáticos vs. alineamientos dinámicos. Programas de alineamiento: Muscle, Mafft, POY. Métodos filogenéticos basados en modelos probabilísticos: Métodos Bayesianos y de Máxima Verosimilitud. Modelos más comunes. Maximum likelihood y parsimonia; condiciones de equivalencia. Simplicidad y sobreparametrización Likelihood ratio tests. Métodos bayesianos: justificaciones. Cadenas de Monte Carlo. Uso de MrBayes y RAxML.
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